Lần đầu tiên sau khi cài Kaspersky vào máy tính, bạn nên tiến hành thực hiện Quét toàn bộ máy tính. Nhấn chuột phải vào My Computer > Quét virus. Hoặc bạn mở giao diện chương trình Kaspersky > Quét > Quét toàn bộ (hình dưới)
Kaspersky bảo vệ máy tính trong thời gian thực, vì thế bạn không cần thực hiện Quét toàn bộ máy tính nhiều lần, có thể chỉ một lần đầu tiên là đủ (bạn cũng có thể thực hiện Quét toàn bộ những lần sau với khoảng cách thời gian quét hợp lý, ví dụ như vài tháng quét toàn bộ một lần).
Lưu ý: Trong khi thực hiện Quét toàn bộ máy tính, Kaspersky sẽ chiếm dụng thêm tài nguyên hệ thống, vì thế với các máy tính có cấu hình yếu, quá trình quét toàn bộ máy tính có thể làm cho máy tính của bạn hoạt động hơi chậm hơn bình thường. Bạn nên chọn thời gian quét toàn bộ máy tính cho hợp lý để không ảnh hưởng đến công việc (Vd: Vào giờ nghỉ trưa chẳng hạn)
Lần đầu tiên, quét toàn bộ máy tính diễn ra tương đối lâu và tùy thuộc vào dung lượng dữ liệu trên máy tính. Tuy nhiên, những lần quét sau diễn ra khá nhanh. Ở lần đầu tiên Kaspersky có cơ chế đánh dấu tập tin, những lần quét sau, Kaspersky sẽ bỏ qua không quét các tập tin không bị truy cập và chỉnh sửa kể từ lần quét toàn bộ trước đó.
Bạn cũng có thể chọn Quét khu vực quan trọng (hình trên) để cho chương trình chỉ quét tập tin hệ điều hành, tập tin của các phần mềm trên máy tính, tập tin khởi động cùng máy tính, boot sector.